Deux pétitions, signées par plus de 200 000 personnes, condamnant différentes affaires de pantouflage impliquant d'anciens membres de la Commission, ont été remises le 12 octobre 2016 au président de la Commission européenne, Jean-Claude Juncker. Elles font suite notamment au recrutement de l'ancien président de la Commission José Manuel Barroso par la banque d'affaires américaine Goldman Sachs, survenue le 8 juillet 2016. 

La première de ces deux pétitions a été déposée par un collectif d'employés des institutions de l'UE, qui, tout en conservant l'anonymat, ont décidé de s'élever contre "le comportement de José Manuel Barroso, qui déshonore le service public européen et l'UE dans son ensemble". Ils jugent cette nomination "irresponsable", parce qu'elle nourrit l'euroscepticisme et l'europhobie, préjudiciable aux institutions européennes déjà éprouvées et "moralement malhonnête", car contraire à l'honneur et à la probité de la fonction publique européenne censée défendre l'intérêt général.

Signée par plus de 151 000 citoyens, la pétition rappelle que, même après la période de carence de 18 mois suivant la fin de leur mandat durant lesquels ils ne peuvent prendre une fonction en rapport avec leur ancien portefeuille, les anciens membres doivent respecter leurs devoirs d'intégrité et de discrétion énoncées dans l'article 245 TFUE. Les signataires demandent ainsi que le cas soit porté devant le CJUE par la Commission européenne et le Conseil. Ils espèrent notamment voir l'ancien président de la Commission européenne sanctionné par une suspension de ses indemnités de retraite et de ses titres honorifiques éventuels liés aux institutions européennes.

La seconde pétition remise à la Commission européenne, baptisée "Barroso, ne vends pas notre intérêt public  à Goldman Sachs", a été déposée par le mouvement citoyen We Move Europe, Transparency International EU et l'alliance d'ONG et de syndicats luttant pour la transparence contre l'influence des lobbys nommée ALTER EU. Près de 64 000 personnes ont répondu à leur appel de signer un texte qui veut "empêcher les ex-politiciens de vendre leur influence aux entreprises".

Voyant dans la nomination de José Manuel Barroso "le signal clair que nos institutions européennes permettent aux banques et grandes entreprises de définir l'agenda", les signataires de cette pétition appellent à une refonte immédiate des règles sur le travail des commissaires à la sortie de leur mandat. Ils estiment que la période durant laquelle un ancien commissaire ne peut prendre un poste de travail pouvant présenter un conflit d'intérêts, par lobbying direct et indirect, avec son ancienne tâche, devrait être portée de de 18 mois à trois ans. Ils militent également en faveur d'un comité d'éthique "transparent et indépendant", capable de prendre des décisions et d'appliquer des sanctions si les règles ne sont pas respectées, comme par exemple la suspension de droits à la retraite, qu'ils aimeraient voir appliquée à José Manuel Barroso.

Par ailleurs, le communiqué de presse d'ALTER-EU annonçant la remise de la pétition mentionne en plus des cas de José Manuel Barroso et de Nelly Kroes, le cas, remonté à la surface le 6 octobre 2016 à la faveur d'un article du journal néerlandais De Volkskrant, du pantouflage de l'ancienne commissaire européenne en charge du commerce (2009-10), Benita Ferrero-Waldner, qui avait occupé un poste dans une société d'exportations d'éoliennes le mois même (février 2010) de son départ de la Commission. L'Ombudsman a décidé, en juillet 2016, d'adresser une décision de "mauvaise gestion" à l'encontre de la Commission Barroso II qui, en février 2014, n'avait pas donné suite à un avis contraire à cette nomination du comité d'éthique, prononcée alors que l'ex-commissaire n'occupait plus le poste incriminé.

A noter que le 11 octobre 2016, dans le cadre de sa prise de position sur le budget 2017 en amont du vote du Parlement européen le 26 octobre 2016, la commission des budgets du Parlement européen a prévu de conserver en réserve 20 % des dotations destinées aux indemnités transitoires destinés des anciens membres jusqu'à ce que la Commission applique un code de conduite des commissaires plus strict afin de prévenir le "pantouflage".