Le renforcement de la surveillance des frontières externes de l’UE figure également parmi les exigences du gouvernement luxembourgeois. Dans ce contexte, le ministre s’est prononcé pour davantage de moyens d’intervention pour l’Agence européenne des frontières extérieures (FRONTEX).
Le retard pris dans la mise en place du système d’information Schengen deuxième génération (SIS II) pour l’ensemble des pays de l’UE, y inclus les nouveaux pays membres, figurait également à l’ordre du jour. Les raisons de ce retard sont de nature technique et politique. Le ministre Luc Frieden a souligné lors de son intervention que ce problème n'était pas un débat entre anciens et nouveaux pays membres. Le Luxembourg a quant à lui donné la priorité absolue au développement du système.Une décision sur la mise en service du système SIS II sera prise au Conseil "JAI" dans le courant du mois de décembre 2006.
La Présidence du Conseil et la Commission européenne ont réussi à négocier un nouvel accord avec les Etats-Unis sur la question du transfert de données des passagers aériens en direction des Etats-Unis dans le courant de la nuit du jeudi 5 au vendredi 6 octobre.
Afin d’améliorer l’échange d’informations sur les politiques nationales en matière d’asile et d’immigration, le Conseil a adopté une décision pour l’établissement d’un mécanisme d’information mutuelle sur les mesures prises par les Etats membres.
En matière de justice pénale, les ministres se sont penchés sur la proposition de la Présidence visant à faciliter le transfert entre Etats membres de personnes détenues en prison. Le Luxembourg a soutenu la position de la Présidence.