Le deuxième paquet ferroviaire devait être transposé dans la législation nationale avant le 30 avril 2006. Le 2e paquet ferroviaire consiste en la directive 2004/49/CE (sécurité des chemins de fer), la directive 2004/50/CE (interopérabilité), la directive 2004/51/CE (ouverture du marché) et le règlement (CE) n° 881/2004 instituant une Agence ferroviaire européenne. La directive 2004/51/CE prévoit l'ouverture complète du marché pour le transport ferroviaire international à partir du 1er janvier 2006 et devait être mise en œuvre le 31 décembre 2005 au plus tard.
Le Luxembourg fait partie des pays qui n'ont pas notifié à la Commission la transposition des deux directives (2004/49 et 2004/50). Il n’a pas répondu à l'avis motivé que la Commission lui avait envoyé en octobre 2006. Par conséquent, celle-ci a décidé de saisir la Cour européenne de justice.
La directive 2004/49/CE a pour but de renforcer la sécurité des chemins de fer en garantissant une transparence totale à l’égard des procédures de sécurité en vigueur. Elle instaure une procédure pour l’attribution des certificats de sécurité que chaque entreprise ferroviaire doit obtenir pour pouvoir faire circuler des trains sur le réseau européen. L’objectif est d’amener les systèmes de sécurité nationaux à atteindre les niveaux communs européens les plus élevés, lesquels seraient définis par la Commission sur la base de travaux préparatoires de nature technique réalisés par l’Agence ferroviaire européenne. La directive exige également des États membres la mise en place d’une autorité de sécurité indépendante et d’un organisme d’enquête sur les accidents et incidents ferroviaires.
La directive 2004/50/CE comporte une mise à jour de la législation en vigueur en matière d'interopérabilité technique, devenue nécessaire en vue de l’exploitation de services transfrontaliers et de la réduction des coûts du matériel roulant sur le réseau à grande vitesse. Ces directives permettent également une modification des méthodes de travail pour accélérer les avancées en matière d’interopérabilité, y compris sur le réseau conventionnel. Du point de vue géographique, l’interopérabilité sera étendue à l’ensemble du réseau ferroviaire ouvert de l’Union européenne.
La législation nationale mettant en œuvre le deuxième paquet ferroviaire fera l’objet d’un examen séparé plus approfondi visant à déterminer si elle est conforme à la législation européenne et si elle la transpose intégralement.