Dans un premier commentaire, le Premier ministre Juncker a déclaré que la substance du traité constitutionnel avait "survécu" aux tractations de Bruxelles. "Le Luxembourg a gardé tout se qui se trouvait dans le traité constitutionnel, mais l’Europe a perdu quelques tremplins pour sauter plus haut", a-t-il ajouté. Il a regretté que tous les citoyens européens ne puissent bénéficier des mêmes droits, faisant allusion à l’exemption du Royaume Uni dans l’application de la Charte qui deviendra juridiquement contraignante dans tous les autres pays dès l’entrée en vigueur du nouveau traité.
Mais Juncker a salué que d’autres éléments essentiels se retrouvent dans le nouveau projet : la personnalité juridique de l’Union européenne, la dimension sociale qui doit être vérifiée pour chaque initiative européenne, le concept de services d’intérêt général qu’il faut garantir, le poste d’un président permanent du Conseil européen, le poste de fait d’un ministre des Affaires étrangères de l’Union européenne, qui continuera cependant à être appelé "Haut Représentant de l’UE pour la politique étrangère et de sécurité", l’enracinement de l’euro et du droit de la concurrence dans le traité comme moyens pour permettre à l’Union européenne d’atteindre ses objectifs.
En gros, Jean-Claude Juncker trouve que le projet de traité soumis à la CIG est meilleur que le traité de Nice actuellement en vigueur, mais qu’il s’agit malgré tout d’un "traité simplifié compliqué."
Dans un premier temps, un accord avait été trouvé avec la Pologne avec l’aide de la France, du Royaume-Uni, de la Lituanie et du Luxembourg.sur le vote à la double majorité, un des principaux points de blocage des négociations. Selon les modalités de cet accord, le système de vote actuel issu du traité de Nice pour les votes au Conseil s'appliquerait jusqu'en 2014. La règle de la double majorité (55 % des Etats-membres et 65 % de la population) entrerait en vigueur à partir de cette date. Jusqu'au Conseil européen du printemps 2017, un Etat-membre pourra invoquer le compromis de Ioannina. Ce compromis adopté en 1994 permet à la présidence de demander une nouvelle délibération d'un texte au Conseil de l'Union européenne lorsqu'un certain nombre d'Etats-membres veulent s'y opposer et approchent de la minorité de blocage, mais sans l'atteindre.
Mais les négociations étaient ensuite bloquées, car plusieurs pays ont mis en cause les concessions faites par la Présidence allemande au Royaume-Uni ou aux Pays-Bas pour obtenir l’accord de ces pays. Dans la mire des critiques se trouvaient l’exemption accordée au Royaume Uni dans l'application de la Charte des droits fondamentaux, les concessions aux Pays-Bas sur le rôle des parlements nationaux et le compromis sur la primauté du droit européen sur les droits nationaux, ainsi que celui sur la personnalité juridique accordée à l'Union. La séance fut alors interrompue après 2 heures du matin, et reprit après 3 heures du matin. C’est vers 4 heures et demie que la Présidence allemande put conclure le Conseil européen sur un compromis.