Le gouvernement de Mirek Topolanek, qui dirige le parti de droite libérale ODS et qui, en tant que Premier ministre, assure actuellement la Présidence de l’Union européenne, a été soumis le 24 mars 2009 à un vote de défiance par les députés tchèques. Selon la Constitution tchèque, Mirek Topolanek devrait donc démissionner, avec son gouvernement, ce qui ne manque pas de soulever quelques inquiétudes quant à la conduite de la Présidence tchèque, jusqu’à ce qu’elle soit relayée, le 1er juillet 2009, par la Suède.
La première réaction, à chaud, du ministre luxembourgeois des Affaires étrangères, Jean Asselborn, qui répondait à l’agence AFP selon une dépêche de RTL, fut de dire, le 25 mars 2009 au petit matin, que "le gouvernement tchèque continuerait son travail dût-il s’agir d’un gouvernement de transition". Pour Jean Asselborn, "cela risque cependant d’être plus difficile pour la stabilité et l’image de l’Union européenne".
Un peu plus tard dans la matinée, Jean-Claude Juncker, était interviewé par téléphone par RTL Radio Lëtzebuerg et déclarait que "cela n’est pas bon à priori, mais cela n’est pas non plus une situation que nous n’ayons jamais rencontrée". Comme il l’a rappelé en effet, il y a eu, en 1995, des élections présidentielles en pleine Présidence française tandis que l’année suivante, en 1996, l’Italie, qui assurait à son tour la Présidence tournante, était plongée dans une longue crise gouvernementale. Pour le Premier ministre luxembourgeois, "un Etat reste un Etat, indépendamment de son gouvernement" et "la République tchèque doit continuer son travail".
Jean-Claude Juncker a déclaré qu’on peut cependant s’attendre "à une rupture de la continuité, et ce d’autant plus que le gouvernement tchèque ne dispose d’aucune autorité sur le plan interne pour pousser le Sénat, la deuxième chambre tchèque, à ratifier le traité de Lisbonne, ce qui conduira à un ralentissement du processus de ratification".
Pour Lydie Polfer, eurodéputée luxembourgeoise (DP), comme le souligne une dépêche, "ce n’est pas un signe positif".
Le 25 mars, Mirek Topolanek devait présenter devant le Parlement européen, réuni en session plénière à Strasbourg, le bilan du Conseil européen des 19 et 20 mars. L’occasion pour le président du Parlement européen, Hans-Gert Pöttering, de faire part de son espoir que la démission du Premier ministre n’aura pas d’effet sur la Présidence. "Cette situation n'aura pas d'impact sur la présidence (de l'UE) et j'espère qu'elle sera un succès", a assuré Mirek Topolanek.
La crise politique tchèque a pourtant ramené sur la table la question de la ratification du Traité de Lisbonne par la République Tchèque, toujours en suspens depuis la ratification le 18 février dernier par les députés tchèques. Le Traité de Lisbonne doit en effet être encore être examiné en avril par le Sénat tchèque.
A ce sujet, le Premier ministre tchèque a renvoyé la balle à l’opposition sociale-démocrate tchèque, qui avait voté la défiance contre lui la veille, en déclarant que, pour la ratification du Traité de Lisbonne, "le téléphone se trouve dans le bureau de Jiri Paroubek (chef du parti social-démocrate tchèque) et non pas dans celui de Mirek Topolanek". Le vote des sénateurs, qui devrait avoir lieu en avril malgré la chute du gouvernement mené par Mirek Topolanek, s'annonce en effet incertain, du fait notamment de la forte opposition de nombreux élus du parti du Premier ministre lui-même.
C’est finalement Alexandre Vondra, vice-Premier ministre tchèque chargé des Affaires européennes, qui a reconnu que si "le processus de ratification est en bonne voie", "les développements actuels compliquent la situation". "Clairement, la République tchèque se comportera de manière responsable, le gouvernement a signé le traité et il est dans son intérêt d'achever le processus de ratification", mais "il va être beaucoup plus difficile de convaincre les gens", a-t-il affirmé.
Mirek Topolanek a confirmé par ailleurs qu'il souhaitait que les dirigeants européens arrivent à "un accord politique au sommet européen de juin" sur la désignation du président de la future Commission européenne, le mandat de l'actuelle Commission présidée par José Manuel Barroso expirant en novembre 2009. Evoquant la demande des eurodéputés d'être consultés sur cette désignation, une fois connus les résultats des élections européennes de juin 2009, il a estimé, selon l'AFP, possible un "report" du sommet actuellement prévu pour les 18 et 19 juin 2009.
Quant à la désignation de l'ensemble du collège des commissaires, Mirek Topolanek n'a avancé aucune date, soulignant qu'il faudra "savoir si nous allons travailler sur la base du traité de Nice - actuellement en vigueur - ou sur la base du traité de Lisbonne. Quid du nombre de commissaires par Etats membres ?", a-t-il par exemple interrogé.
Si le traité de Lisbonne n'est pas ratifié d'ici la fin de l'année, le traité de Nice restera en effet en vigueur, et la Commission devrait être renouvelée en comptant au maximum 26 commissaires – ce qui priverait un pays de l'UE de "son" commissaire à Bruxelles, augurant de difficiles tractations entre les 27 pays membres. Si le traité de Lisbonne est ratifié, les dirigeants de l'UE ont prévu au contraire, lors du Conseil européen de décembre 2008, que chaque pays puisse conserver son commissaire.