Le 20 novembre 2009, la Commission européenne a adressé un avertissement écrit au Luxembourg, à la Belgique, au Portugal, à la France et à l’Allemagne pour traitement insuffisant des eaux résiduaires dans les petites villes. Les pays concernés n’ont pas mis en place l'infrastructure nécessaire pour collecter et traiter les eaux résiduaires dans les petites villes. Conformément à la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires, les États membres devaient veiller à ce que les villes de 2 000 à 15 000 habitants soient équipées de ces systèmes au plus tard le 31 décembre 2005.
La Commission a évalué les données fournies par les États membres concernant cette obligation, et a constaté qu'un certain nombre de pays parmi les quinze anciens membres de l’Union européenne n’ont pas entièrement respecté la législation sur le traitement des eaux résiduaires. En conséquence, l’exécutif européen envoie un premier avertissement écrit à ce groupe de cinq États membres concernant cette violation de la législation. Cette procédure d’infraction fait suite à des affaires précédentes où la Commission était intervenue pour veiller à ce que les États membres fassent le nécessaire pour que les grandes agglomérations soient équipées de systèmes de collecte et de traitement des eaux urbaines résiduaires.
La directive sur le traitement des eaux urbaines résiduaires fait obligation aux villes de l’Union européenne de collecter et de traiter leurs eaux urbaines résiduaires.
Les eaux résiduaires non traitées peuvent être contaminées par des bactéries et des virus dangereux et présenter ainsi un risque pour la santé publique. Ces eaux contiennent également des nutriments tels que l’azote et le phosphore, susceptibles de nuire aux réserves d’eau douce et au milieu marin en favorisant la prolifération d’algues qui étouffent les autres formes de vie, un phénomène appelé "eutrophisation".
Le principal traitement des eaux résiduaires prévu par la directive est de type biologique ou "secondaire". Toutefois, lorsque les agglomérations de plus de 10 000 habitants rejettent leurs eaux résiduaires dans des masses d’eau déclarées sensibles, un traitement plus rigoureux est également nécessaire. Celui ci devait être en place au plus tard le 31 décembre 1998. Les agglomérations de plus de 15 000 habitants qui ne rejettent pas leurs eaux résiduaires dans des zones sensibles devaient, quant à elles, être équipées d’une infrastructure de traitement secondaire au plus tard le 31 décembre 2000. Enfin, les petites agglomérations avaient jusqu’au 31 décembre 2005 pour se conformer à la législation.