Le 2 décembre 2013, les eurodéputés de la commission du contrôle budgétaire ont apporté leur soutien à la reconduite du Luxembourgeois Henri Grethen pour un second mandat de six ans à la Cour des Comptes européennes (EAC). A l’issue de cinq votes à bulletin secret, les eurodéputés se sont en effet exprimé en faveur de sa nomination ainsi que de celle du Grec Nikolaos Milionis, de la Française Danièle Lamarque, du Néerlandais Alex Brenninkmeijer et du Britannique Phil Wynn Owen. Ce second mandat débuterait le 1^er janvier 2014. Néanmoins, le Parlement européen devra encore l’approuver en plénière, tandis que c’est au Conseil que reviendra le dernier mot.

Henri Grethen est devenu membre de la Cour des comptes européenne le 1er janvier 2008. Jusqu’au 31 mai 2010, il était l’un des membres du groupe d’audit II "Politiques structurelles, transport, recherche et énergie", ainsi que du comité administratif de la Cour. Suite à la réorganisation de la Cour,  il est devenu, le 1er juin 2010, membre de la deuxième chambre "structurelles, transports et énergie", dont il est désormais le doyen à 63 ans. Il est devenu à la même date membre suppléant du comité administratif.

Durant son premier mandat, Henri Grethen a été rapporteur officiel de quatre rapports spéciaux : "Le programme de sante publique de l'Union européenne (2003-2007): un moyen efficace d'améliorer la santé ?" (2009), "L'analyse d'impact dans les institutions européennes : soutient-elle la prise de décision?" (2010), "Amélioration de la performance des transports sur les axes ferroviaires transeuropéens: les investissements de l'UE en matière d'infrastructures ferroviaires ont-ils été efficaces ?' (2010), "Les actions structurelles de l'UE ont-elles contribue avec succès a la regéneration de friches industrielles et militaires?" (2012).

En 2011, il a été nommé responsable du chapitre 5 (politique régionale, énergie et transport) du rapport annuel de la Cour. Le 29 avril 2012, il est devenu membre de l'Instance spécialisée en matière d'irrégularités financières a la Cour des comptes européennes, instance qu’il préside depuis 2013.

Dans le questionnaire qui lui a été soumis en amont de son audition du 7 novembre 2013, Henri Grethen a notamment déclaré : "En ces temps de crise économique et financière, les citoyens de l'Union doivent pouvoir se fier a une structure administrative efficace et transparente. La Cour des comptes européenne doit garantir aux citoyens européens que les fonds de l'Union sont correctement dépenses et qu'ils apportent une véritable valeur ajoutée à l'Europe."