L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a mis en garde contre une résistance de plus en plus importante aux antibiotiques des bactéries Salmonella et Campylobacter dans son dernier rapport sur la résistance antimicrobienne paru le 26 février 2015. Le rapport sur "la résistance aux antimicrobiens dans les bactéries zoonotiques et indicatrices chez l'homme, l'animal et dans les aliments" a été écrit par l’EFSA et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et se base sur des données de 2013 fournies par les Etats membres. Les deux agences utilisent pour la première fois des critères d'interprétation similaires permettant la comparabilité des résultats; "une avancée pour la lutte contre la résistance antimicrobienne", souligne Marta Hugas, de l'EFSA.  L’EFSA salue en revanche le "fait encourageant" que la résistance combinée à deux antimicrobiens spécifiques d’importance critique (corésistance) demeure faible pour les deux bactéries.

Campylobacter est une bactérie responsable d’infections intestinales et la cause bactérienne la plus courante de gastroentérite de part le monde, explique l’Organisation mondiale pour la santé (OMS). Vu qu’elle peut être détruite par la chaleur et une cuisson complète des aliments, l’OMS souligne l’importance de "bonnes pratiques de base en matière d’hygiène lorsqu’on prépare des aliments".

Dans un communiqué, l’EFSA fait état de niveaux élevés et "préoccupantes" de résistance aux fluoroquinolones, une classe d’antibiotiques dont fait partie le ciprofloxacine, présents à la fois chez l’homme et les poulets de chair. "Une proportion élevée d’infections humaines à Campylobacter ont pour origine la manipulation, la préparation et la consommation de viande de poulets de chair. Des niveaux de résistance aussi élevés réduisent les options de traitement efficaces pour les infections graves à Campylobacter chez l’homme", a mis en garde Mike Catchpole, scientifique en chef à l’ECDC.

Selon une infographie de l’EFSA, près de la moitié bactéries du type Campylobacter jejuni (une sous-espèce de la bactérie) présents à la fois chez l’homme et les poulets de chair étaient résistants au ciprofloxacine (respectivement 54,6 % et 54,5 %). Chez les bovins, la 35,8 % des bactéries présents étaient résistants. Pour la sous-espèce C. coli, la résistance était particulièrement élevée chez l’homme et les poulets de chair (respectivement 66,6 % et 68,8 %), note le communiqué. 31,1 % des bactéries chez les porcs étaient résistants.

Une résistance de la bactérie Salmonella chez 73 % des dindes

Quant au Salmonella, il s’agit d’une bactérie à l’origine de la salmonellose, l’une des maladies d’origine alimentaire les plus courantes et les plus répandues selon l’OMS qui indique que des souches de Salmonella résistantes à une série d’antimicrobiens sont apparues au début des années 90 et posent un grave problème de santé publique. La prévention repose notamment sur la cuisson suffisante (à cœur) des aliments, note l’OMS. Il existe plus de 2500 souches différentes de cette bactérie.

La résistance des bactéries Salmonella à plusieurs médicaments était élevée, note l’EFSA : 31,8 % chez l’homme, 56 % chez les poulets de chair, 73 % chez les dindes, et 37,9 % chez les porcs d’engraissement. Certains sous-espèces comme S. Typhimurium ou S. Kentucky présentaient des résistances extrêmement élevés (83,8 % respectivement 67,3 %), note le rapport. "La propagation persistante de clones particulièrement multirésistants aux médicaments", signalée pour des types de bactéries présents à la fois chez l’homme et l’animal (poulets de chair, porcs et bovins) "suscite des inquiétudes", note l’EFSA. En revanche, la résistance de Salmonella au ciprofloxacine était relativement faible, avec 3,8 %, mais très élevée (81,8 %) pour la sous-espéce S. Kentucky, un "clone particulièrement résistant", selon le rapport.

Le rapport inclut également des données relatives à la résistance dans des bactéries indicatrices Escherichia coli, des entérocoques indicateurs et dans Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, chez l’animal et dans les aliments.