Pour accroître la capacité d’agir de l’Union européenne, la procédure de décision a été simplifiée et démocratisée.

Le recours au vote à la majorité qualifiée au Conseil de l’Union européenne a été étendu à de nombreux nouveaux domaines politiques.

Le recours généralisé à la codécision avec le Parlement européen renforce la légitimité des décisions.

• Le vote à la majorité qualifiée, qui devient la règle, est nouvellement défini. Il sera basé sur le principe de la double majorité : pour être adoptées, les décisions du Conseil auront besoin du support de 55% des États membres représentant 65% de la population européenne. Quatre États au moins peuvent constituer une minorité de blocage. Ce système entre en vigueur à partir de novembre 2014.Ce système met le Luxembourg et les pays moins peuplés au niveau de la majorité des Etats.
• Le nombre de domaines dans lesquels le Conseil de l’Union européenne décide à la majorité qualifiée a été augmenté à une quarantaine de nouveaux domaines politiques, dont la coopération judiciaire et policière. Les risques de blocage sont de ce fait réduits, car jusque là, la règle de l’unanimité dans ces domaines donnait à un seul pays le pouvoir de bloquer tous les autres
• Jusqu'au 1er novembre 2014, le système de pondération des voix actuellement en vigueur continuera à s'appliquer. Pendant une période transitoire allant jusqu'au 31 mars 2017, il sera toujours possible pour un État membre de demander d'appliquer le système de pondération des voix du traité actuellement en vigueur. 
• Enfin, ce dispositif sera complété par un mécanisme similaire au "compromis de Ioannina" permettant à un groupe d'États inférieur à la minorité de blocage de suspendre la prise de décision pour une durée limitée.
• Dans un certain nombre de cas, les décisions continueront à être prises à l’unanimité (la défense et la fiscalité, par exemple) ou à une majorité simple.C'est notamment le cas pour la défense et la fiscalité
• Le traité de Lisbonne généralise la procédure de codécision. Il donne ainsi au Parlement européen, qui représente les citoyens, le pouvoir d’être un co-législateur sur un pied d’égalité avec le Conseil, qui représente les États. Par cette procédure, le système de décision de l’Union européenne procède de la double légitimité des citoyens et des États.