Le Conseil européen devient une institution à part et sera doté d’un président élu pour une durée de deux ans et demi, renouvelable une fois.  Cette Présidence permamente du Conseil européen est censée donner plus de cohérence aux actions de l’Union et d'en renforcer la visibilité. Une Commission avec un nombre de commissaires réduit pourra délibérer et agir de manière plus rapide et efficace. Le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité est créée qui sera chargé de conduire la politique étrangère et de sécurité commune ainsi que la politique de défense commune de l’Union européenne,

Le Conseil européen

• Le Conseil européen réunit les chefs d’États et de gouvernement. Il devient une institution de l'Union sans recevoir pour autant de nouvelles attributions. Le Conseil européen continuera à donner à l’Union l’impulsion politique nécessaire à son développement, mais ne disposera pas d’une fonction législative.
• Une nouvelle figure apparaît: le président du Conseil européen. Ce dernier, élu par le Conseil européen pour deux ans et demi  - un mandat renouvelable une fois -  aura pour tâche principale d'assurer la préparation et la continuité des travaux et d'œuvrer à la recherche du consensus. Il ne pourra pas exercer de mandat national pendant la durée de son mandat européen.
• La mise en place d’un président élu du Conseil européen renforcera la visibilité et la cohérence générale de l’action de l’Union. Le président du Conseil européen  devra également assurer, à son niveau et en sa qualité, la représentation extérieure de l'Union pour les matières relevant de la Politique étrangère et de sécurité commune (PESC).

La Commission européenne

• La Commission européenne a été créée pour représenter, en toute indépendance, l’intérêt génnéral de l’Union. Elle est le moteur législatif de l'Union. Elle propose les actes qui sont transmis ensuite au Parlement européen et au Conseil de l’Union européenne pour décision.
• Si les attributions et le mode de fonctionnement de la Commission européenne restent globalement inchangés, sa composition est modifiée de façon notable afin de préserver l'efficacité de son fonctionnement et de son rôle spécifique. D'ici 2014, la Commission restera composée d'un ressortissant par État membre. À partir de 2014, le traité de Lisbonne réduit le nombre de commissaires. La Commission sera dès lors composée d'un nombre de commissaires égal aux deux tiers du nombre d'États membres, selon un principe de rotation strictement égal, tenant compte des aspects démographiques et géographiques des États membres. Le principe de rotation sera appliqué après chaque élection européenne générale, c’est-à-dire tous les 5 ans, durée du mandat de la Commission. Le Luxembourg, comme tous les autres Etats membres, n'enverra pas de membre dans une Commission sur trois.
• Le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité (voir ci-dessous) sera membre à part entière et vice-président de la Commission dès l'entrée en vigueur du traité de Lisbonne.
• Le traité de Lisbonne renforce la légitimaté démocratique du mode de désignation du président de la Commission. Il indique clairement que le Conseil européen doit tenir compte des résultats des élections européennes, lorsqu’il propose son candidat à la présidence de la Commission au vote du Parlement européen qui élit le président de la Commission.

Le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité

• La création du poste de haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité est une des innovations institutionnelles majeures apportées par le traité de Lisbonne.
• Chargé de conduire la politique étrangère et de sécurité commune ainsi que la politique de défense commune de l’Union européenne, le haut représentant présidera le Conseil des ministres des Affaires étrangères et sera vice-président de la Commission en charge des relations extérieures. En disposant d’un seul représentant pour sa politique étrangère, l’Union sera à même de mieux défendre ses intérêts sur la scène internationale.
• Cette "double casquette" mettra fin à la dualité des compétences qui existe actuellement entre le haut représentant et le commissaire européen en charge des relations extérieures, de sorte que cette innovation devrait renforcer la cohérence de l’action externe de l’Union aux niveaux tant politique qu’économique.
• Le haut représentant pourra faire des propositions et exécutera la politique étrangère en tant que mandataire du Conseil. En outre, il représentera l'Union sur la scène internationale pour la PESC. Il sera assisté par un nouveau service européen de l'action extérieure.
• Le haut représentant pour les affaires étrangères et la politique de sécurité sera désigné par le Conseil européen statuant à la majorité qualifiée, avec l’accord du président de la Commission.