La Commission européenne se fonde sur le cadre financier pluriannuel (CPF) en vigueur et les lignes directrices budgétaires pour l’année à venir pour élaborer le projet de budget, qu’elle soumet ensuite au Conseil et au Parlement. Ces derniers constituent l’autorité budgétaire. Ils amendent puis adoptent le projet.
En cas de désaccord entre le Parlement et le Conseil, un comité de conciliation, convoqué pour l’occasion, est chargé de dégager dans les 21 jours un accord sur un projet commun, qui est alors soumis aux deux branches de l’autorité budgétaire. Si le Conseil rejette ce texte, le Parlement européen a le droit d’approuver le budget en dernier ressort.
La procédure budgétaire annuelle, telle qu’établie par l'article 314 du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne, se déroule du 1er septembre au 31 décembre.
Les institutions de l’Union européenne établissent leurs estimations pour le projet de budget, conformément à leurs procédures internes, avant le 1er juillet.
La Commission consolide ces prévisions et établit le projet de budget annuel qui est soumis au Conseil et au Parlement européen avant le 1er septembre. Dans la pratique, la Commission s'efforce de présenter le projet de budget avant fin avril/début mai.
Le Conseil arrête sa position sur le projet de budget, y compris sur d’éventuelles lettres rectificatives, et la transmet au Parlement européen avant le 1er octobre. Le Conseil informe le Parlement européen des raisons qui l'ont conduit à arrêter sa position.
Le Parlement dispose alors de 42 jours pour adopter ses amendements à la position du Conseil. Le Conseil peut accepter les amendements proposés dans les 10 jours et adopter le projet de budget.
Si le Conseil n’accepte pas les amendements proposés par le Parlement européen, un comité de conciliation est réuni. Celui-ci se compose de membres du Conseil, ou de leurs représentants, et d'un nombre équivalent de députés représentant le Parlement européen. Le comité de conciliation est chargé de dégager une position commune dans les 21 jours. Si la procédure de conciliation échoue, la Commission doit présenter un nouveau projet de budget.
Après l’adoption d’un texte commun par le comité de conciliation, début novembre, le Conseil et le Parlement disposent de 14 jours pour approuver ou rejeter ce texte. Le Parlement peut décider d’adopter le budget, même si le Conseil rejette la position commune. Si le Conseil et le Parlement rejettent tous deux le projet du comité de conciliation, ou s’ils n’arrêtent pas de décision, le budget est rejeté et la Commission doit soumettre un nouveau projet de budget.
Si l’année budgétaire commence sans que le budget définitif ait été adopté, une somme n’excédant pas un douzième des crédits budgétaires de l’année précédente peut être dépensée chaque mois.
En cas de circonstances inévitables, exceptionnelles ou imprévues, la Commission peut proposer en cours d'année que le budget adopté soit modifié et elle présente à cet effet des projets de budgets rectificatifs.
Les budgets rectificatifs sont également utilisés pour inscrire au budget de l'exercice en cours le solde de l'exercice précédent.
De même, la Commission peut, de sa propre initiative ou à la demande des autres institutions ayant une section propre dans le budget, présenter une lettre rectificative au projet de budget, sur la base d'éléments nouveaux qui n'étaient pas connus au moment de son établissement.
Les budgets rectificatifs et les lettres rectificatives sont soumis aux mêmes règles de procédure que le budget général.
L'UE dispose de plusieurs sources de revenus pour financer son administration et ses activités et atteindre son objectif de réduire les disparités économiques entre les régions et les zones rurales en développement. Ce sont les pays membres qui recueillent les fonds pour le compte de l'UE.
Les recettes proviennent des trois grandes sources suivantes:
L'UE perçoit également les impôts sur le revenu du personnel des institutions européennes, les contributions de pays non membres en faveur de certains programmes européens, ainsi que les amendes infligées à des entreprises pour non-respect de la réglementation européenne.
C'est la Commission qui est responsable de la répartition du budget, mais 76 % des fonds sont gérés par les États membres. En cas de fraude ou de paiement indu, la Commission travaille avec l'Office européen de lutte antifraude (OLAF) et les États membres pour recouvrer les sommes concernées. Par souci de transparence, la Commission publie des informations sur les bénéficiaires des fonds européens.