Le Parlement

Le Parlement connaîtra deux changements majeurs :

1. Le nombre maximum de parlementaires est désormais de 750, avec un seuil minimum de 6 et un seuil maximum de 96 députés. « Les seuils arrangent bien les petits Etats et notamment Malte, qui gagne un député, tandis que l’Allemagne fait le sacrifice de trois députés », a expliqué Nicolas Mackel. Quant à l’entrée en vigueur de ce règlement, la date reste à fixer. Il est cependant prévu que la ratification des traités se fera avant les élections du Parlement européen en 2009.
2. Généralisation de la procédure de codécision. La procédure de codécision sera désormais appliquée à une quarantaine de cas nouveaux dans le domaine de la Justice et des Affaires intérieures.

Le Conseil

1. Les traités prévoient la mise en place d’un président permanent du Conseil européen. A partir de 2009, il présidera les travaux du Conseil et représentera l’UE pour la politique extérieure et de sécurité commune. Il est élu pour 2 ans et demi, une fois renouvelable.
2. Le Conseil européen deviendra juridiquement et formellement une institution. Ses actes seront désormais attaquables devant la CJCE. Il deviendra le principal centre de décision de l’Union européenne, puisque toutes les grandes décisions passeront par lui.
3. Pour les modalités de vote, on passera d’un système de pondération à un système de vote à la double majorité, selon lequel les décisions requièrent 55% des Etats membres représentant 65 % de la population. Cette double majorité n’entrera en vigueur qu’en 2014. Cependant, en cas de litige un pays pourra se référer jusqu’en 2017 au traité de Nice et exiger le report de la décision. Un minimum de 4 pays sera nécessaire pour constituer une minorité de blocage.
4. Le traité modificatif ressuscite le compromis de Ioannina de 1994. Ce compromis prévoit que si des membres du Conseil, représentant 23 à 25 voix, s’opposent à la prise de décision du Conseil à la majorité qualifiée, c’est-à dire qu’une décision ne recueille que 62 à 64 voix (la majorité qualifiée étant obtenue lorsque la décision obtient 62 sur 87) alors le Conseil "fera tout ce qui est en son pouvoir" pour parvenir, dans des délais raisonnables, à une solution qui puisse être adoptée par 65 % des voix au moins. A partir du 1er janvier 2017, les seuils sont ramenés à 55 % des Etats membres représentant 65 % de la population (majorité simple) nécessaire pour former une minorité de blocage.

Présidence

1. Création de la fonction du Haut représentant pour les Affaires étrangères qui préside la formation du Conseil qui s’occupe des Affaires étrangères.
2. A partir de 2014, le nombre de Commissaires sera réduit à 2/3 du nombre des Etats membres, selon un système de rotation égal entre Etats membres. Nicolas Mackel estime qu’il aura "une continuation du système actuel". A ses yeux, le système de Troïka initialement prévu par la Constitution, sera supprimé. Ce système prévoit une présidence de 18 mois qui sera exercée par des groupes prédéterminés de 3 Etats membres.

Instauration du droit d’initiative populaire en matière législative

Les traités prévoient la possibilité pour un million de citoyens issus d’un nombre significatif d’Etats membres d’inviter la Commission à soumettre une proposition appropriée de législation dans un domaine particulier.