Le 29 juin 2012, le Conseil européen se félicitait d’avoir pu trouver un compromis sur la question litigieuse du siège de la juridiction des brevets unitaires : un point qui bloquait depuis de longs mois l'adoption de l’accord trouvé avec le Parlement européen sur le "paquet brevets" comprenant le brevet unitaire, le régime de la langue et la juridiction des brevets unitaires. Le Parlement européen, qui faute d’accord au Conseil, avait déjà dû reporter à plusieurs reprises sur la question de la localisation du siège de la juridiction des brevets unitaires, avait inscrit ce vote à l’ordre du jour de la session plénière qui se tient à Strasbourg du 2 au 5 juillet 2012.

Mais, coup de théâtre, le Parlement a décidé, dès l’ouverture de la session, de reporter le vote sur le brevet européen. En cause, la décision unilatérale des chefs d’Etat et de gouvernement de supprimer plusieurs articles de la législation en même temps qu’ils trouvaient un accord sur le siège de la juridiction compétente. "Nous suggérons que les articles 6 à 8 du règlement mettant en œuvre la coopération renforcée dans le domaine de la création d'une protection par brevet unitaire devant être adopté par le Conseil et le Parlement européen soient supprimés", stipulent en effet explicitement les conclusions du Conseil européen du 29 juin 2012.

Le Parlement européen explique sur son site que supprimer ces deux articles signifierait que la compétence de la Cour européenne de justice en cas de litige en matière de brevet serait considérablement réduite en comparaison avec le texte approuvé en décembre 2011.

Bernhard Rapkay (S&D), l'eurodéputé qui a mené la législation sur les brevets unitaires au sein du Parlement, a par conséquent demandé de reporter le vote en plénière prévu initialement pour mercredi, en estimant que la demande du Conseil européen adressée au Comité des représentants permanents (COREPER) constitue une rupture "flagrante" et inacceptable dans la procédure. "Si le Coreper décide ce à quoi je pense, nous aurons à discuter de cette question ensemble à nouveau", a-t-il ajouté.

Klaus-Heiner Lehne (PPE), président de la commission des affaires juridiques, qui a la responsabilité en la matière, estime pour sa part que "si le Conseil s'emploie à supprimer les articles 6-8, il viderait la proposition de son contenu". "Nous voulons une confirmation claire que ces trois articles clés seront supprimés", exige le parlementaire qui assure que si confirmation il y a, "cela ira directement à la Cour européenne de Justice".

Cette question sera à nouveau débattue le 10 juillet 2012 par les députés de la commission des affaires juridiques avec le Conseil, la Commission et le service juridique du Parlement européen.