Dans le courrier transmis aux institutions européennes, la Médiatrice relève notamment que "dans le premier rapport anti-corruption de l'UE publié en février 2014, "la Commission met[tait] en garde contre le fait que la corruption peut nuire gravement à l'économie et saper la confiance que portent les citoyens dans les institutions démocratiques". Les dénonciateurs jouent par conséquent "un rôle clé pour mettre au grand jour des irrégularités graves", estime-t-elle. Emily O'Reilly veut dès lors "[s]'assurer que les institutions de l'UE ont mis en place les règles nécessaires pour protéger les dénonciateurs et gérer les plaintes qu'ils soumettent sur la manière dont ils ont été traités", lit-on dans un communiqué de presse diffusé sur le site du Médiateur.
La Médiatrice rappelle notamment que le personnel de l'UE est tenu de signaler les graves irrégularités qu'il rencontre dans l'exercice de ses fonctions. "Toutefois, les gens ont tendance à être réticents à faire un signalement au sein de leur propre organisation et craignent souvent des représailles", précise-t-elle. Le rapport anti-corruption soulignait en effet que "la dénonciation fait face à des difficultés compte tenu de la réticence générale à signaler de tels actes dans sa propre organisation, et de la crainte de représailles. A cet égard, la construction d'une culture d'intégrité au sein de chaque organisation, la sensibilisation et la création effective mécanismes de protection qui donneraient confiance aux dénonciateurs potentiels sont la clé".
Depuis janvier 2014, selon le nouveau statut du personnel (article 22c) approuvé par le Parlement et les États membres, les institutions de l'UE sont tenues légalement d'introduire des règles internes de la dénonciation. La Médiatrice relève cependant que "jusqu'à ce jour, la Commission a été l'institution la plus avancée en ce domaine, en adoptant des lignes directrices sur la dénonciation, mais pas encore de règles internes".
Dans sa lettre d'ouverture d'enquête, la Médiatrice demande ainsi aux institutions d'indiquer si elles ont déjà adopté de telles règles ou du moins quand elles en ont l’intention ; elle leur demande également la forme que prennent ces règles, ainsi que des informations sur la procédure d'adoption de ces règles internes. La Médiatrice se dit particulièrement intéressée de savoir quel a été le degré de consultation du personnel et du public au sujet de ces règles, ainsi que le niveau de protection des dénonciateurs externes, tels que les contractants ou sous-traitants de projets financés par l'UE, "étant donné que la gestion des fonds publics ne concerne pas seulement le personnel des institutions de l'UE, mais aussi des tiers", y lit-on.
La Médiatrice se présente par ailleurs comme étant "à l'avant-garde sur ces questions", ayant rédigé un projet de règles internes de la dénonciation, en coopération avec le comité du personnel et la déléguée à la protection des données de son institution. Elle a également publié ce projet et invite toutes les parties intéressées à soumettre leurs commentaires.