Pour sa deuxième journée, le 21 octobre 2016, le Conseil européen a été principalement consacré aux questions commerciales. A l’origine, c’était le jour prévu par la Commission européenne pour qu’un accord unanime des 28 Etats membres ouvre la voie à une signature de l’accord de libre-échange avec le Canada (CETA). Toutefois, après le refus du Parlement wallon de déléguer ses pouvoirs au gouvernement fédéral belge pour signer l’accord, le Conseil européen a dû s’achever sans pouvoir célébrer la conclusion du CETA.

Avant cette seconde journée, le Premier ministre belge, Charles Michel, s'était montré plutôt pessimiste quant à une conclusion positive des négociations : "Je ne suis pas rassuré parce que j'ai le sentiment qu'il y a une radicalisation des positions du gouvernement wallon", avait-il lâché à son arrivée. Les négociations entre la Commission européenne, le ministre-président wallon, Paul Magnette, et la ministre du Commerce extérieure canadienne, Chrystia Freeland, ont toutefois permis quelques avancées. "Il y a de nouvelles avancées significatives qui sont faites, notamment sur le dossier agricole. En revanche, il reste des difficultés pour nous, en particulier sur le dossier de l'arbitrage", a dit Paul Magnette.

Par contre, un accord a été trouvé entre le Canada, la Roumanie et la Bulgarie. Ces deux derniers pays ont en effet levé leurs réserves sur le CETA après que le Canada a accepté une libéralisation des visas en direction de leurs ressortissants, à partir du 1er décembre 2017, dès lors que le CETA sera approuvé.

Alors que les négociations entre Belges, Canadiens et la Commission se poursuivaient à Namur, le président de la Commission européenne, Jean-Claude Juncker, déclarait en conférence de presse de clôture du Conseil qu'"il ne [désespérait] pas que d'ici quelques jours une solution soit trouvée".

Faisant valoir dans la foulée que l’accord commercial avec le Canada était "le meilleur que nous ayons pu conclure", il a dit ironiquement rester "interloqué, surpris par le fait que lorsque nous concluons un accord commercial avec le Vietnam, qui est mondialement connu pour appliquer tous les principes démocratiques, personne ne soulève la voix, et si nous concluons un accord avec le Canada qui est une dictature accomplie comme nous le savons, tout le monde s’excite pour dire que nous ne respectons pas les droits de l’homme, les droits économiques et sociaux".

Jean-Claude Juncker a expliqué qu’il avait adressé un courrier dans lequel il a avancé des éléments devant rassuré les députés wallons, à savoir que les services de base, d’approvisionnement en eau et en électricité, ne devaient pâtir de l‘accord. "Nous leur avons dit quelle partie de l’instrument interprétatif correspondait à quelle partie de l’accord, a expliqué également Jean-Claude Juncker, en considérant que, désormais, la situation est bien plus claire pour les parlementaires wallons".

Le Premier ministre belge, Charles Michel, qui s’est exprimé devant la presse à l’issue du sommet, s’est montré préoccupé quant au sérieux de la situation. Contraint de respecter la position du Parlement wallon, bien qu’elle conduise à une situation "particulièrement délicate", il n’a pas souhaité s’exprimer sur les chances de réussite des négociations qui étaient encore en cours.

Le Premier ministre luxembourgeois, Xavier Bettel, a pour sa part rappelé que le Luxembourg faisait partie de ceux qui considèrent que les parlements nationaux doivent être impliqués. "Je ne le regrette pas", a assuré le Premier ministre qui s’est d’ailleurs dit "heureux" de la motion adoptée la veille à une large majorité par les députés luxembourgeois. "Si des aspects positifs devaient sortir des négociations qui sont en cours, nous serons tous gagnants", a d’ailleurs relevé le Premier ministre luxembourgeois. Il a aussi réitéré l’importance pour le Luxembourg de ne pas faire "un chèque en blanc" à la Commission en ce qui concerne les négociations avec les Etats Unis en vue du TTIP.

Concernant la Chine, Jean-Claude Juncker a expliqué que la Commission allait prendre une décision sur le fait de lui accorder oui ou non le statut d’économie de marché. La Commission a insisté lourdement sur la nécessité d’améliorer les instruments de défense commerciale de l’UE. "Il ne faut pas sacrifier sur l’autel d’un accord international avec la Chine les intérêts de l’industrie européenne, en particulier de la sidérurgie", a déclaré le président de la Commission.

Xavier Bettel a insisté sur l’importance d’une "concurrence loyale", alors que les 28 se sont engagés à trouver d’ici la fin de l’année un accord au Conseil sur le projet de modernisation des instruments de défense commerciaux mis sur la table par la Commission en 2013.