Une présidence stable du Conseil européen remplace les présidences semestrielles. Le Conseil européen élit son président pour une durée de deux ans et demi, renouvelable une fois. Celui-ci assure notamment la représentation extérieure de l'Union.

Les pouvoirs du haut représentant pour les affaires étrangères et la politique de sécurité commune sont renforcés. Il préside le Conseil des ministres des Affaires étrangères. Il est aussi vice-président de la Commission. Il dispose d'un service diplomatique européen pour l'action extérieure.

La majorité qualifiée devient la règle au Conseil des ministres, sauf quand les traités en disposent autrement. Le champ de la majorité qualifiée est élargi, notamment dans le domaine de la coopération judiciaire et policière.

Le nouveau système de vote prévoit pour les décisions prises par le Conseil des ministres qu’une majorité qualifiée est égale à au moins 55% des Etats réunissant au moins 65% de la population. Une minorité de blocage doit inclure au moins quatre Etats.

L’application de la majorité qualifiée est néanmoins reportée à 2014 à la demande de la Pologne. Pendant une phase de transition, de 2014 à 2017, un pays pourra demander de voter selon les règles du traité de Nice. De plus, le mécanisme dit de "Ioannina" permettra à un groupe d'Etats qui approche la minorité de blocage d'obtenir une poursuite de la négociation en vue d'une solution. Le Président du Conseil pourra cependant faire procéder au vote quand il le jugera utile.

La composition de la Commission européenne est modifiée. A partir de 2014, le nombre des commissaires cesse d'être égal à celui des Etats membres pour n'en représenter que les deux tiers. Il y a aura donc des périodes où un Etat membre n’enverra pas de commissaire européen à Bruxelles.

Le Parlement européen, qui exerce avec le Conseil des ministres les fonctions législative et budgétaire, voit ses prérogatives renforcées. Le champ de la codécision est étendu. Le Parlement européen élit le président de la Commission sur proposition du Conseil européen, "en tenant compte des élections au Parlement européen".

Un mécanisme destiné à faciliter les coopérations renforcées entre les Etats désireux d'aller de l'avant dans certains domaines est mis en place.

La délimitation des compétences entre l'Union et les Etats membres est la suivante : l’Union douanière, le commerce, la concurrence, la politique monétaire demeurent des compétences exclusives de l'Union. La politique sociale, le marché intérieur, l'énergie, la recherche restent des compétences partagées avec les Etats.

L’Union européenne dispose maintenant d’une personnalité juridique unique.

Les trois piliers qui permettaient de distinguer les politiques gérées selon les méthodes communautaires (1er pilier), la politique étrangère et de sécurité commune (PESC, 2e pilier) et la coopération judiciaire et policière (3e pilier) fusionnent. Néanmoins, le caractère "intergouvernemental" de la PESC reste ancré dans le traité.

Un droit d'initiative citoyenne est institué, qui permettra à un million de citoyens d'inviter la Commission à soumettre une proposition.

Le traité fait référence aux héritages culturels, religieux et humanistes de l'Europe.

La Charte des droits fondamentaux fait l'objet d'une référence qui lui donne une force juridique contraignante. Le Royaume-Uni et la Pologne sont exemptés de son application.

La primauté du droit européen sur le droit national n'est pas réaffirmée dans le traité proprement dit. Ce principe fait l'objet d'une déclaration renvoyant à la jurisprudence de la Cour de justice.

Le rôle des Parlements nationaux est renforcé : la période qui leur est accordée pour examiner un texte passera de six à huit semaines. La Commission devra justifier une décision, la revoir ou la retirer, si elle est contestée à la majorité simple des voix attribuées aux Parlements nationaux.

Un protocole sur les services publics qui souligne l'importance des services d'intérêt général, met l'accent sur les "valeurs communes" de l'Union, mentionne "le rôle essentiel et la grande marge de manœuvre des autorités nationales, régionales et locales".

Les "critères de Copenhague" imposés aux pays candidats à l'adhésion (démocratie. Etat de droit, économie de marché) ne sont pas mentionnés explicitement dans le traité. Mais il précise que "les critères d'éligibilité ayant fait l'objet d'un accord du Conseil européen sont pris en compte