Le Conseil européen qui se tient les 29 et 30 octobre 2009 à Bruxelles, poursuit trois objectifs : lever les dernières objections du président tchèque Vaclav Klaus à l’égard du traité de Lisbonne, fixer une position commune de l’UE pour la Conférence de Copenhague sur le changement climatique et aborder la discussion sur les personnalités qui pourraient occuper les deux grands postes qui seront créés par le traité de Lisbonne

La première journée a permis de lever un obstacle majeur à l'entrée en vigueur du traité de Lisbonne : les objections du président tchèque Vaclav Klaus. Ce dernier avait demandé que son pays bénéficie d'une dérogation à la Charte européenne des droits fondamentaux, afin d'empêcher, selon lui, que les Allemands des Sudètes expulsés en 1945 puissent obtenir réparation. Sinon il ne signerait pas le traité. Malgré les objections de ses homologues que la Charte ne pouvait être appliqué de manière rétroactive, Klaus n’avait pas voulu céder. Finalement, le Conseil européen lui a fait cette concession qui sera juridiquement du même type que celles obtenues en 2007, pour d'autres raisons, par la Grande-Bretagne et la Pologne.

Le président de la Commission européenne, José Manuel Barroso, a commenté la décision : "Nous avons à présent levé le dernier obstacle politique. Nous aurons bientôt le traité de Lisbonne". Il reste toutefois un obstacle juridique. La Cour constitutionnelle tchèque doit encore se prononcer sur la plainte de 17 sénateurs proches de Vaclav Klaus, sans doute le 3 novembre. Ce n’est qu’après que la signature tchèque pourrait intervenir.

Elle pourrait intervenir assez rapidement, comme l’a indiqué, à l’issue du sommet, le Premier ministre suédois et président du Conseil européen, Fredrik Reinfeldt, "vu les réactions en provenance de Prague qui nous sont parvenues". Pour le président français Nicolas Sarkozy, le traité de Lisbonne entrera "sans doute" en vigueur le 1er décembre. Jean-Claude Juncker a de son côté signalé que le président tchèque se rendra aux Etats-Unis d’Amérique entre le 3 et le 8 novembre. Et il a ajouté : "Mais j’ai bon espoir qu’il signera avant de monter dans l’avion." Un sommet européen extraordinaire sera ensuite convoqué pour procéder aux nominations aux postes-clés prévus par le traité de Lisbonne, a annoncé ensuite Jean-Claude Juncker. "La présidence suédoise (...) nous a fait savoir qu'elle entamerait des consultations le lendemain de la signature du président tchèque et convoquera un conseil européen extraordinaire pour procéder à ces nominations", a-t-il dit lors du point de presse à l'issue du Conseil européen.