A compter du 1er avril 2012, il sera possible de lancer une initiative citoyenne européenne (ICE). L'ICE permet à un million de citoyens européens, issus d'au moins sept États membres, d'inviter la Commission européenne à présenter une proposition législative dans un domaine dans lequel l'UE est habilitée à légiférer.
Dans un communiqué diffusé le 21 mars 2012, le Médiateur européen indique qu’il peut aider à résoudre les problèmes qui surviendraient dans le processus de fonctionnement des ICE. Le Médiateur sera en effet un mécanisme de recours important pour les individus et les organisations ayant des plaintes concernant la mauvaise administration de la Commission dans sa gestion des initiatives citoyennes tout au long des différentes étapes de la procédure.
Des plaintes peuvent être soumises en cas de problème, par exemple, lors des étapes suivantes de la procédure :
Il est important de souligner ce pourquoi le Médiateur n'est pas compétent en ce domaine : en effet, le Médiateur ne peut pas se prononcer sur le fond substantiel du suivi que la Commission décide de donner aux initiatives citoyennes. Ceci est plutôt une question politique qui relève donc du cadre de travail du Parlement européen.
Le Médiateur, P. Nikiforos Diamandouros, a souligné que "l'initiative citoyenne européenne est une étape clé de la vie démocratique de l'Union. Ceci est un exemple concret de l'effort de rapprochement de l'Europe avec ses citoyens. Je suis prêt à aider à assurer que les procédures pertinentes et les droits des citoyens soient respectés."
Il se pourrait également que les individus et les organisations se tournent vers les médiateurs nationaux de l'UE s'ils rencontrent des problèmes de fonctionnement de l'ICE dans les États membres. Ces problèmes pourraient être liés, par exemple, aux procédures de certification des systèmes nationaux de collecte de signatures.