La conférence des présidents des groupes politiques du Parlement européen a donné suite à son exclusion par le Conseil JAI du 7 juin 2012 du mécanisme d’évaluation du système Schengen qui avit déjà étré l'objet d'un débat le 12 juin et a décidé le 14 juin 2012, sans les voix des conservateurs eurosceptiques de l’ECR et de l’extrême droite, de suspendre les négociations avec les gouvernements européens sur plusieurs projets de lois jusqu'à ce que ces derniers lui rendent ses pouvoirs dans le processus de réforme de Schengen.

"Le Parlement européen a décidé de suspendre cinq négociations en cours, jusqu'à ce qu'il obtienne satisfaction du Conseil (...) Tous les groupes se sont mis d'accord sur cette mesure à l'exception de l'ECR (groupe des conservateurs et réformateurs européens, eurosceptiques). C'est une décision sans précédent, depuis 18 ans que je siège au Parlement européen", a déclaré à la presse Martin Schulz.

Il s'agit ensuite du rapport de Gorgios Papanikolaou sur le franchissement des frontières et la convention d'application de Schengen,  du rapport de Monika Hohlmeier sur la sécurité informatique, du rapport de Nuno Melo sur "la décision d'enquête européenne", du rapport dit PNR ("Passenger Name Record") sur le transfert des données des passagers aériens aux Etats-Unis, et enfin des aspects du budget 2013 en relation avec la sécurité aux frontières. Les cinq dossiers suspendus relèvent tous de la justice et des affaires intérieures.

Pour Martin Schulz, "c'est une décision extrême qui répond à une décision extrême du Conseil". Le président du Parlement a ajouté : "Le Conseil ne peut, en tant qu'organe exécutif, attendre du Parlement qu'il s'efface."

Le Parlement a également décidé de retirer de l'ordre du jour de la plénière de juillet deux rapports : celui qui a mis le feu aux poudres, le rapport du député Carlos Coelho sur le mécanisme d'évaluation de Schengen, mais aussi le rapport de Renate Weber sur le rétablissement temporaire des contrôles aux frontières.

Une action du Parlement européen devant la Cour de Justice de l’UE semble par contre plus difficile, y compris selon les experts juridiques du Parlement européen. Car la Commission aurait déjà transmis au Conseil pour décision une position de compromis avec une base juridique d’où le droit du Parlement à la codécision aurait déjà été retiré, contrairement à ce que demandait le rapport Coelho.

Le président de la Commission européenne José Manuel Barroso ayant apporté le 13 juin 2012 son soutien au Parlement en déclarant qu’il déplorait "profondément la décision prise récemment par le Conseil sur nos propositions concernant Schengen", l’on défend au Parlement européen l’idée que la Commission va retirer sa proposition. La balle serait pour ainsi dire dans le camp de la Commission. Mais dans ce cas, toute la procédure serait terminée et il faudrait attendre une nouvelle proposition de la Commission construite sur une base juridique impliquant la codécision.

Le ministre allemand de l'Intérieur Hans-Peter Friedrich, un des promoteurs de cette exclusion de fait du Parlement européen, s'est dit "serein" dans le bras de fer avec le Parlement européen à propos de la réforme de l'espace sans frontières Schengen. Pour lui, "la base juridique est claire" et si elle était saisie, "la Cour européenne arriverait sûrement au même résultat que le service juridique du Conseil" de l'UE, où siègent les Etats, comme du reste, déclare-t-il, bien renseigné, "la majorité des experts juridiques du Parlement", pour conforter les gouvernements dans leur choix.