Le 18 mai 2015, la Médiatrice européenne, Emily O’Reilly a adressé huit proposition à la Commission européenne visant à garantir que les "350 milliards d'euros des fonds européens structurels et d'investissements (FESI) pour la période 2014-2020 ne soient pas utilisés dans des programmes des États-membres qui contreviennent aux droits fondamentaux". Ces propositions font suite à une enquête d’initiative sur le respect des droits fondamentaux dans la politique de cohésion de l’UE qui avait été ouverte par Emily O’Reilly le 19 mai 2014.
Dans son communiqué, la Médiatrice rappelle que "bien que les États-membres soient les principaux responsables de la sélection des projets, des paiements et du traitement des plaintes (…), la Commission ne peut abdiquer ses obligations en matière de droits humains, simplement parce qu'elle ne gère pas les fonds directement", tout en rappelant que "la politique de cohésion vise à créer de l'emploi, à réduire la pauvreté et à lutter contre l'exclusion sociale, particulièrement dans les régions rurales et défavorisées de l'Union".
Emily O’Reilly adresse ainsi les propositions suivantes à la Commission :
Parmi les problématiques de droits fondamentaux qui avaient été portées à la connaissance d’Emily O’Reilly durant l’enquête figuraient notamment "des fonds de l'UE utilisés pour construire des institutions pour les personnes handicapées au lieu de logements communautaires, un quartier planifié pour loger à part la communauté Rom, annoncé publiquement comme bénéficiaire des fonds européens structurels et d'investissements" ou encore "des obstacles à l'accès aux fonds pour les associations de femmes".
Au cours de son enquête d'initiative, la Médiatrice a consulté les membres du Réseau européen des Médiateurs, l'Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne (FRA), le Haut-Commissariat des Nations Unies aux droits de l'homme et plusieurs organisations de la société civile. Elle avait notamment reçu des plaintes concernant des autorités nationales utilisant des fonds de l'UE en violation des droits fondamentaux.