Le 22 janvier 2013, le porte-parole du commissaire à la Santé Tonio Borg, Frédéric Vincent, a confié à l'AFP que la Commission européenne a décidé de différer le processus d'autorisation de mise en culture des OGM dans l'Union européenne. Un soja et six maïs OGM, parmi lesquels le MON810, dont l'autorisation, obtenue en 1998, doit être renouvelée, sont en attente d'autorisation. 

La procédure prévoit que la Commission européenne demande l'autorisation aux Etats sur la base d'un avis favorable de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Or, jusqu'alors, l'EFSA n'a jamais rendu un avis négatif et il n’a jamais non plus été dégagé au Conseil une majorité qualifiée pour interdire ou autoriser un OGM. Or, en cas d'absence de majorité qualifiée, la Commission européenne a le droit de décider en lieu et place des Etats membres. Il reste alors à ces derniers la possibilité d'invoquer une clause de sauvegarde pour empêcher la culture de l'OGM autorisé sur leur territoire.

Trouver accord sur les clauses de sauvegarde avant la fin du mandat de la Commission en 2014

En mars 2009, le président de la Commission José Manuel Barroso, cherchant à faire lever des clauses de sauvegarde décidées par l'Autriche et la Hongrie, avait été désavoué par le Conseil.

Depuis lors, l'option de la liberté laissée aux Etats n'est plus contestée. "Dans un domaine tel que celui des OGM, par exemple, il devrait être possible d'adopter un système d'autorisation communautaire, fondé sur des données scientifiques, tout en laissant la possibilité aux États membres de décider s'ils souhaitent ou non avoir des cultures génétiquement modifiées sur leur territoire", avait déclaré le président de la Commission européenne, dans ses "Orientations politiques pour la prochaine Commission", en septembre 2009.

Ainsi, le 13 juillet 2010, la Commission européenne avait présenté une proposition modifiant la directive 2001/18/CE en ce qui concerne la possibilité pour les États membres de restreindre ou d'interdire, sur tout ou partie de leur territoire, la culture d'OGM autorisée à l'échelon européen. Toutefois, cette proposition, plusieurs fois remaniée car contestée, est toujours en discussion.

Lors du Conseil Environnement du 9 mars 2012, une minorité d'Etats membres avait bloqué, pour des raisons diverses et parfois opposées, le nouveau compromis présenté par la présidence danoise d'alors. Trois (l'Allemagne, la Belgique, la France) des huit pays qui, comme le Luxembourg, ont adopté des clauses de sauvegarde pour interdire la culture des OGM, autorisés par la Commission européenne, sur leurs territoires, s'étaient opposés à ce compromis. Le Luxembourg était pour sa part favorable au compromis, mais sa position vis-à-vis des OGM n'en reste pas moins tranchée. L’étude du professeur Séralini sur le maïs transgénique NK 603 a récemment permis au ministre de la Santé, Mars Di Bartolomeo, de la rappeler. Le 30 octobre 2012, il a expliqué que "le gouvernement luxembourgeois a montré dans le passé lors de nombreuses discussions au niveau européen et dans la pratique quotidienne au niveau national son respect du principe de précaution dans le domaine des organismes génétiquement modifiés", avant de conclure que "cette ligne de conduite sera maintenue à l'avenir, de concert avec nos partenaires européens partageant nos préoccupations".

En ne soumettant pas "dans l'immédiat" de nouvelles demandes en autorisation aux Etats membres, la Commission européenne entend se concentrer sur la recherche d'une solution négociée avec les Etats membres concernant le régime des clauses de sauvegarde. Le nouveau commissaire à la Santé, Tonio Borg, souhaite reprendre les négociations "sur la base de la proposition de son prédécesseur". " Ce sera sa priorité jusqu'au terme du mandat de la Commission fin 2014", a précisé son porte-parole Frédéric Vincent.