Les ministres de l'Économie et des Finances de l'Union européenne (UE) réunis en Conseil Ecofin le 12 février 2016 ont validé sans débat le rapport d'évaluation Schengen de la Grèce adopté le 2 février 2016 par la Commission, ainsi qu'une série de 50 recommandations à mettre en œuvre en Grèce sur une période de trois mois pour remédier aux déficiences constatées dans la gestion des frontières extérieures de l’UE, indique un communiqué de presse du Conseil. Ce rapport se fonde sur une mission d'inspection sur place (à Chios, Samos et sur les sites d'Orestiada, de Fylakio, de Kastanies et Nea Vyssa) qui s'est déroulée du 10 au 13 novembre 2015.

La décision adoptée prend certes en compte les mesures qu'Athènes a mises en œuvre depuis cette visite pour gérer la crise mais appelle la Grèce à faire encore davantage de progrès notamment sur les procédures d'enregistrement (par exemple sur la qualité des empreintes digitales recueillies), la surveillance en mer (en assurant des patrouilles plus fréquentes), les procédures de contrôles aux frontières, l'analyse de risque, les ressources humaines et la formation, les infrastructures ainsi que la coopération internationale (notamment en coopérant au niveau local avec les autorités turques), indique le texte adopté. Ce dernier souligne aussi que, compte tenu de la situation, le fonctionnement global de Schengen est en sérieux péril et que les difficultés rencontrées par la Grèce affecte l’UE dans son ensemble et doivent être résolues collectivement.

La décision adoptée sur la série de recommandations visant à remédier « aux déficiences sérieuses » constatées lors de la visite d'évaluation reconnaît cependant la situation géographique particulière de la Grèce qui l'a « particulièrement affectée ». Ces flux migratoires (plus d'1 million de personnes sont arrivées dans l'UE en 2015) auraient pour effet de mettre une pression sévère sur les frontières extérieures de n'importe quel État membre, indique la décision qui a ainsi intégré un argument que la Grèce avait fait valoir le 10 février 2016, lors d'une réunion des ambassadeurs permanents et qu'elle avait inscrit dans une déclaration écrite.

Mais la Grèce a tout de même voté contre ce projet de décision en ce qui concerne les recommandations à suivre, ainsi qu’elle l’avait annoncé en amont du Conseil. La Bulgarie et Chypre se sont abstenues lors du vote.

Selon une source diplomatique grecque, ce rejet ne signifie cependant pas que le pays n'appliquera pas ces recommandations mais signifie davantage qu’il n'accepte pas que le rapport évoque des « défaillances sérieuses » à ses frontières et se fonde sur une mission d'inspection sur place qui s'est déroulée en novembre 2015, alors que les choses ont changé depuis, indique  l’Agence Europe dans son Bulletin daté du 15 février 2016.

En effet, dans un rapport de progrès publié le 10 février 2016, la Commission a elle-même constaté des progrès dans la prise des empreintes digitales des migrants arrivant en Grèce, ce taux étant passé de 8 % en septembre 2015 à 78 % en janvier 2016.

La Commission et les ministres ont toutefois enjoint à la Grèce de mettre en œuvre 50 recommandations pour améliorer la gestion de ses frontières, le risque ultime étant de devoir activer l'article 26 du code-frontières Schengen qui permettrait dans trois mois aux États membres de Schengen de rétablir des contrôles à leurs frontières de manière coordonnée, s'ils devaient juger que la situation ne s'est pas améliorée.