Le 20 juillet 2016, le Comité des représentants permanents des États membres auprès de l'UE (Coreper) a adopté à l’unanimité la position du Conseil de l'UE sur le projet de budget de l'UE pour 2017 en vue des négociations avec le Parlement européen. Le Conseil devra encore formellement adopter à la mi-septembre.
Le Conseil préconise un budget de 156,4 milliards d'euros en engagements et 133,8 milliards d'euros en paiements, soit 1,3 milliard en engagements et 1,1 milliard en paiements de moins que ce que la Commission avait proposé le 30 juin 2016.
La position du Conseil équivaut à une hausse des engagements de 0,9 % et une baisse des paiements de 7 %, en comparaison avec le budget 2016. La baisse importante des crédits de paiement est surtout due à deux facteurs : les programmes de la politique de cohésion du cadre financier pluriannuel 2007-2013 ont été finalisés et les programmes du cadre pluriannuel 2014-2020 n’ont pas encore été pleinement mis en marche.
Le Conseil décline dans sa position quelques priorités : la croissance inclusive, la migration et la sécurité.
Le Conseil veut mettre l’accent dans le budget 2017 sur des mesures dans le cadre de la rubrique sur la "croissance intelligente et inclusive" dotée de 74,3 milliards d’euros en engagements et de 56,1 milliards en crédits de paiement sur le programme Horizon 2020 avec 10,2 milliards d’euros en engagements et 10,1 milliards d’euros en paiements, une hausse, respectivement de 6,9 % et de 0,7 % par rapport au budget de l'UE 2016. Le Fonds européen pour les investissements stratégiques (FEIS) devrait selon le Conseil être doté de 2,7 milliards en engagements (+ 29,5 %) et de 2,3 milliards en paiements, une augmentation de 341,3 %. Erasmus + recevrait 2 milliards en engagements (+ 16,2 %) et 1,9 milliard en paiements (+ 4,5 %). L'aide européenne pour les plus démunis devrait être dotée quant à elle de 546 millions en engagements et 421 millions en paiements. L'initiative 'emploi des jeunes' serait selon le Conseil dotée de 600 millions d'euros en paiements.
Le Conseil souhaite que le budget de l'UE continue d'offrir un niveau élevé d’aides aux États membres pour endiguer les flux migratoires, protéger les frontières extérieures de l'UE et lutter contre la criminalité organisée et le terrorisme. Il veut donc que 5,2 milliards soient prévus pour les dépenses liées aux défis migratoires, tant au niveau de l’action intérieure comme la gestion des flux migratoires qu’au niveau de l’action extérieure qui s’applique aux racines de la migration. Ainsi, le Conseil prône une enveloppe de 200 millions au titre de l'aide humanitaire d'urgence au sein de l'UE, mise en place par le Conseil Affaires générales le 15 mars 2016, un mécanisme qui permet d'aider la Grèce et d'autres États membres concernés à satisfaire les besoins humanitaires liés à l'arrivée massive d'hommes, de femmes et d'enfants. Le Conseil voudrait enfin prévoir 750 millions en 2017 pour que l’UE soit en mesure de contribuer avec un milliard de son budget sur les 3 milliards d'euros prévus au total au financement des mesures dans le cadre de l'accord UE-Turquie sur la Facilité pour les réfugiés dans ce pays.
La série d’attentats qui a ébranlé l’UE depuis 2015 a conduit l’UE à contribuer à assurer un niveau élevé de sécurité dans l'Union européenne. Le Conseil voudrait que 738,6 millions d’euros soient prévus en engagements et 747,7 millions d’euros en paiements pour le Fonds de sécurité intérieure, une hausse de 14,4 % et 89,3 % par rapport au budget 2016. Il s’agira de renforcer la coopération policière, la prévention et la lutte contre le crime ainsi que la gestion de crises.
Le Conseil a retenu le principe, soutenu par la Commission, de recourir à l'instrument de flexibilité et de mobiliser la marge pour imprévus pour financer les mesures prioritaires de l'UE en 2017.