Les plans nationaux d'allocation (PNA) fixent pour chaque État membre le plafond du volume total d'émissions de CO² pouvant provenir des installations relevant du SCEQE ainsi que la quantité de quotas d'émission attribués à chaque installation. Il incombe à la Commission d'examiner les PNA proposés par les États membres en fonction de 12 critères d'allocation énumérés dans la directive sur les échanges de quotas d'émission . Ces critères visent notamment à assurer la cohérence des plans avec les engagements contractés par l'UE et les États membres au titre de Kyoto, le volume d'émission réel vérifié figurant dans les rapports annuels d'avancement de la Commission et les possibilités technologiques de réduction des émissions. Les autres critères ont trait à l'absence de discrimination, aux règles communautaires en matière de concurrence et d'aides d'État et à des aspects techniques. La Commission a la possibilité d'accepter un plan pour tout ou partie.
La Commission demande que les 10 plans évalués soient modifiés dans les cas suivants:
Lorsque des modifications sont requises, la Commission a indiqué dans chaque cas les mesures à prendre par l'État membre concerné pour qu'elle puisse accepter le plan. L'approbation deviendra automatique avec l'introduction de ces modifications.
L'allocation annuelle approuvée pour le Luxembourg est de 2,7 millions de tonnes de CO2 .
Cette décision de la Commission concernant le 2e plan national d'allocation de quotas d'émission de gaz à effet de serre notifié par le Luxembourg conformément à la directive 2003/87/CE a conduit le ministère de l’Environnement le 29 novembre 2006 à "noter avec satisfaction que la Commission européenne reconnaît les efforts entrepris par le Luxembourg, tant pour réduire les émissions au niveau national que pour recourir aux mécanismes flexibles prévus par le protocole de Kyoto afin de compenser les émissions dues aux exportations de carburants." Mais, en ce qui concerne les quotas à allouer au secteur de l’industrie, "le ministère s’étonne fortement que la Commission n’ait pas pris en considération la situation spécifique du Luxembourg exposée en détail au PNAQ, en imposant une réduction substantielle de la quantité totale de quotas à allouer aux fins du système communautaire."
Le ministre de l’Environnement, Lucien Lux, commentera en détail la décision de la Commission concernant le 2e plan national d'allocation de quotas d'émission de gaz à effet de serre lors d’une conférence de presse le 30 novembre 2006. Ses propos seront rapportés par ce site.