Le traité de Lisbonne est entré en vigueur le 1er décembre 2009, après plusieurs années de négociations et une longue procédure de ratifications. Ce nouveau traité, considéré comme une étape importante pour l’Union européenne, doit simplifier le fonctionnement institutionnel et renforcer la dimension démocratique en Europe. Avec l’entrée en vigueur du traité de Lisbonne, Herman Van Rompuy, président du Conseil européen, et Catherine Ashton, Haut représentant de l'Union européenne pour la Politique étrangère, entrent également en fonction. D’autres changements apportés par ce traité sont le renforcement du Parlement européen et des parlements nationaux, la simplification des procédures de décision du Conseil, ainsi que l’établissement du principe de l’initiative citoyenne. Enfin, le traité de Lisbonne confère à la Charte des droits fondamentaux une valeur juridiquement contraignante.
D’abord, l’Union européenne a désormais deux visages, celui d’Herman Van Rompuy, président du Conseil européen, et celui de Catherine Ashton, Haut représentant pour les Affaires étrangères et la Politique de sécurité. Ces deux personnalités ont été nommées le 19 octobre 2009 par consensus, lors d’un Conseil européen informel, et elles entrent en fonction le 1er décembre 2009.
Le président du Conseil européen est nommé pour deux ans et demi, et son mandat est renouvelable une fois. Il a pour tâche principale d'assurer la préparation et la continuité des travaux du Conseil et d'œuvrer à la recherche du consensus.
Le Haut représentant de l'Union européenne pour la Politique étrangère est membre à part entière et vice-président de la Commission européenne. Par ailleurs, chargé de conduire la politique étrangère et de sécurité commune ainsi que la politique de défense commune de l’Union européenne, le Haut représentant préside le Conseil des ministres des Affaires étrangères. La création de ce poste devrait renforcer la cohérence de l’action externe de l’UE aux niveaux tant politique qu’économique.
Le traité de Lisbonne renforce la fonction législative du Parlement européen, ainsi que son rôle de contrôle politique de la Commission européenne. La procédure de codécision, par laquelle le Parlement décide conjointement avec le Conseil, devient la procédure législative ordinaire. Cette procédure est étendue à de nouveaux domaines politiques, par exemple l’espace de liberté, de sécurité et de justice. Le pouvoir du Parlement européen est également renforcé en matière budgétaire et en ce qui concerne l'adoption d'accords internationaux. Le traité de Lisbonne introduit un lien direct entre les résultats des élections au Parlement européen et le choix par le Conseil européen du candidat à la présidence de la Commission.
Les parlements nationaux seront directement impliqués dans le processus de décision européen. Ainsi, le traité de Lisbonne précise les droits et obligations des parlements nationaux dans le cadre de l'Union européenne, qu'il s'agisse de leur information, du contrôle de subsidiarité, des mécanismes d'évaluation dans le cadre de l'espace de liberté, de sécurité et de justice ou de la révision des traités. Ce changement renforce la légitimité démocratique du processus de décision de l’Union européenne.
Pour accroître la capacité d’agir de l’UE, la procédure de décision a été simplifiée et démocratisée. Le recours au vote à la majorité qualifiée au Conseil de l’Union européenne a été étendu à de nombreux nouveaux domaines politiques, dont la coopération judiciaire et policière. Les risques de blocage sont de ce fait réduits, car jusque là, la règle de l’unanimité dans ces domaines donnait à un seul pays le pouvoir de bloquer tous les autres. Le recours généralisé à la codécision renforce la légitimité des décisions et donne au Parlement européen le pouvoir d’être un co-législateur sur un pied d’égalité avec le Conseil.
Le traité de Lisbonne constitue un pas en avant dans la protection des droits des citoyens. Il confirme les droits existants et introduit de nouveaux mécanismes qui permettent d’assurer le plein respect de ces droits au sein de l’UE. Le principe de l'égalité démocratique de ses citoyens est consacré, ce qui veut dire que tous les citoyens bénéficient d'une égale attention des institutions, organes et organismes de l’Union. Le principe de la démocratie participative complète le principe de la démocratie représentative. Cela signifie que le dialogue avec les associations représentatives et la société civile, les Églises et les organisations philosophiques et non confessionnelles sera régulier, ouvert et transparent. Le traité de Lisbonne établit également le principe de l’initiative citoyenne. Celle-ci permet à un million au moins de ressortissants d'un nombre significatif d'États membres, d'inviter par voie de pétition la Commission à soumettre au Parlement européen et au Conseil une proposition législative qu’ils estiment nécessaire pour la mise en œuvre des objectifs des traités.
L’entrée en vigueur du traité de Lisbonne, donne aussi à la Charte des droits fondamentaux une valeur juridiquement contraignante. La Charte accorde des garanties, des droits et des libertés aux citoyens européens, comme par exemple la protection des données à caractère personnel, le droit d’asile, l’égalité en droit et la non-discrimination, l’égalité entre femmes et hommes, les droits de l’enfant et des personnes âgées, la protection en cas de licenciement injustifié, l’accès à la Sécurité sociale et l’aide sociale. Dans la mesure où la Charte sera juridiquement contraignante, la Cour de Justice de l’Union européenne veillera à son respect. Un protocole restreint toutefois son application pour le Royaume-Uni, la Pologne et la République tchèque.
Le traité introduit aussi un certain nombre de nouvelles dispositions dans le domaine de la justice et des affaires intérieures (JAI). Il s'agit principalement de dispositions concernant les aspects suivants : modification du cadre juridique et des procédures législatives applicables dans plusieurs domaines, possibilité d'instituer un Parquet européen, création au sein du Conseil d'un nouveau comité permanent de sécurité intérieure (COSI), et dispositions transitoires sur l'acquis du troisième pilier.
Enfin, tout Etat membre peut décider de se retirer de l’Union européenne. Les traités européens cessent alors d’être applicables à l’Etat concerné à partie de la date d’entrée en vigueur d’un accord de retrait conclu entre l’Etat et l’UE.