Le 14 mai 2014, la Médiatrice européenne, Emily O'Reilly, a annoncé avoir ouvert une enquête d'initiative sur la composition et la transparence des groupes d'experts de la Commission.
Dans un premier temps, elle demande aux personnes intéressées et aux organisations de lui rapporter, par le biais d’une consultation, leurs constats concernant l'équilibre, dans différents groupes, entre la représentation de domaines d'expertise et les intérêts, le degré de transparence des groupes et le mode de fonctionnement des procédures d'application.
Comme l’a rappelé la Médiatrice, la Commission s'appuie fortement sur les conseils de centaines de groupes d'experts pour élaborer la législation et la politique, couvrant ainsi des domaines allant des services fiscaux et bancaires à la sécurité routière et les produits pharmaceutiques. Elle juge par conséquent qu’il est "de la plus haute importance pour ces groupes qu'ils soient constitués de façon équilibrée et de travailler dans la plus grande transparence possible, afin que le public puisse contrôler leur travail et avoir confiance."
Lorsqu' en octobre 2013, Emily O'Reilly a pris ses fonctions de Médiatrice européenne, elle a annoncé qu'elle utiliserait son pouvoir d'enquête de propre initiative afin d'examiner de manière plus stratégique, les problèmes systémiques dans l'administration de l'UE. À cette fin, elle a nommé un coordinateur interne pour les enquêtes d'initiative. L'enquête portant sur les groupes d'experts est la première d'une série d'enquêtes d'initiative stratégiques qui seront ouvertes au cours des mois à venir.
Grâce à l'aide de la consultation publique, la Médiatrice pourra mener une enquête pour savoir si des groupes d'experts comportent un déséquilibre de la représentation des intérêts, si la nomination "à titre personnel" des membres cause un problème et si les groupes d'experts travaillent de manière aussi transparente que possible.
Par ailleurs, la Commission (DG AGRI) est en train de mettre en place 14 "groupes de dialogue civil" qui serviront d'organes consultatifs pour la politique agricole commune. Plus d'un tiers du budget de l'Union européenne va dans ce domaine politique crucial.
La Médiatrice a donc ouvert une enquête spécifique sur la composition de ces groupes afin de garantir une représentation équilibrée de la large gamme de groupes d'intérêts économiques et non-économiques. Dans un courrier adressé au président de la Commission, José Manuel Barroso, Emily O’Reilly l’informe ainsi qu’elle entend suivre de près la procédure de sélection des membres des groupes de dialogue civil qui est actuellement en cours et lui propose de conseiller les services de la Commission dans cette tâche.