La Commission européenne a défendu le 28 juillet 2014 le projet d’Union bancaire, suite à un recours déposé par un groupe de cinq professeurs allemands auprès de la Cour constitutionnelle allemande de Karlsruhe, ont rapporté plusieurs médias. Markus C. Kerber, qui est professeur de science financière publique à l’institut d’économie nationale de l’université technique de Berlin, juge que l’Union bancaire est une "violation des droits fondamentaux", selon une déclaration publiée le 27 juillet 2014 sur son site Europolis. "L’Union bancaire n’a pas de base juridique dans les traités de l’UE", note le texte, intitulé "Schäuble trompe le public sur les risques de l’Union bancaire", en référence au ministre allemand des Finances, Wolfgang Schäuble.
"La mutualisation des risques bancaire serait le début de la fin de la zone euro parce que ces risques dépassent le seuil de toute solidarité", écrit Markus Kerber, tout en annonçant son intention d’élargir la plainte quand le règlement créant un mécanisme de résolution unique (MRU) sera entrée en vigueur. Le recours actuel vise uniquement le mécanisme de surveillance unique (MSU) qui sera opérationnel à partir du 4 novembre 2014. Les juges de la Cour basée à Karlsruhe ont été saisis ces dernières années des principales mesures de soutien à la zone euro, notamment sur le mécanisme européen de stabilité (MES) ou le programme de rachat de dette publique de la BCE, et ont toujours fini par les juger conformes à la loi. Ils vont étudier ce recours et décider de la suite à y donner, a souligné le porte-parole de la Cour, sans préciser combien de temps durerait cet examen.
Selon la Commission européenne, l'Union bancaire est pleinement conforme aux traités de l'UE, a indiqué un porte-parole cité par le quotidien allemand Die Welt. "Nous sommes confiants que les textes qui fondent l'Union bancaire sont juridiquement solides", ajoute la Commission, précisant que c'est également l'avis des services juridiques de la BCE et du Conseil.
Selon l’hebdomadaire Welt am Sonntag, Markus Kerber estime que l’Union bancaire nécessite une modification des traités de l’UE. Il avance que le MSU n’est pas conforme à l’article 127 du traité sur le fonctionnement de l’UE qui stipule au paragraphe 6 que le Conseil peut "confier à la Banque centrale européenne des missions spécifiques ayant trait aux politiques en matière de contrôle prudentiel des établissements de crédit et autres établissements financiers". Pour le professeur, des "missions spécifiques" ne couvrent pas une surveillance complète de banques, explique le journal. Le mécanisme de supervision unique (MSU), adopté définitivement par le Conseil Ecofin en octobre 2013, confie en effet à la Banque centrale européenne (BCE) la supervision de plus de 6 000 banques de la zone euro élargie, dont les plus grandes banques seront sous surveillance directe, à savoir entre 120 et 130 banques. Markus Kerber craint notamment que les contribuables allemands ne doivent payer pour le sauvetage de banques en faillite, selon le journal Die Welt. Il est soutenu par Bernd Lucke, le chef du parti eurocritique allemand AFD, qui met en garde contre une "mutualisation des dettes de toutes les banques européennes", selon la même source.
Le professeur n’est pas le seul à critiquer l’Union bancaire. La banque fédérale allemande (Bundesbank) avait également mis en garde contre une "vague de plaintes" d’investisseurs contre le MRU en cas de résolution d’une banque, selon l’agence dpa. Cet instrument nécessiterait une modification des traités de l’UE, avait alors estimé la vice-présidente Sabine Lautenschläger.
Le ministre allemand des Finances, Wolfang Schäuble, a pour sa part indiqué avoir étudié avec soin les bases de l'Union bancaire avec son service juridique pour en arriver à la conclusion que l’Union bancaire est conforme à la Constitution, selon l’agence Reuters. Le ministre précise qu’un accord intergouvernemental a dû être élaboré puisque l’Allemagne avait jugé que la base juridique telle que proposée par la Commission pour l’Union bancaire était insuffisante.