Une porte-parole du Haut-Commissariat aux réfugiés des Nations Unies (HCR), Melissa Fleming, a déclaré le 22 mars 2016 lors d’une conférence de presse à Genève,  que les "hotspots" qui accueillent, assistent et enregistrent les réfugiés et migrants qui arrivent en Grèce sont devenus des "centres de détention" à la suite de la mise en œuvre de l'accord entre l'UE et la Turquie. Le HCR, que l’UE a défini dans l’accord avec la Turquie comme un acteur-clé, a par conséquent, et "conformément à sa ligne de conduite qui s’oppose à la détention obligatoire", suspendu certaines de ses activités dans tous les centres d’accueil fermés. Le HCR ne sera plus présent dans ces centres que l’UE qualifie de "hotspots" que pour veiller à ce que les normes internationales en matière de droits humains et des réfugiés y soient respectées et pour informer les réfugiés sur leurs droits et les procédures de demande d’asile.

La porte-parole du HCR a déclaré que son organisation "est préoccupée par le fait que l’accord UE-Turquie soit mis en œuvre avant que les garanties nécessaires soient en place en Grèce." Melissa Fleming a estimé que "la Grèce ne dispose pas de suffisamment de capacités sur les îles pour évaluer des demandes d’asile, ni de conditions appropriées pour loger décemment et en toute sécurité les personnes en attendant que leur cas soit examiné".    

Le HCR se sont par ailleurs contraint de souligner le fait qu’il "n’est pas une partie de l’accord UE-Turquie, et qu’il ne sera pas non plus impliqué dans les retours et la détention de réfugiés". Sa tâche consistera uniquement à assister les autorités grecques à développer une capacité d’accueil adéquate.