Au Conseil Agriculture et Pêche du 15 juillet 2013, la présidence lituanienne a présenté son programme de travail pour les six prochains mois. Pour Vigilijus Jukna, le ministre lituanien de l’Agriculture, l’approbation des textes réglementaires de la réforme de la politique agricole commune (PAC) est le premier objectif afin de parvenir à une mise en œuvre en temps utile de la réforme de la PAC.
Or, il y eut sur cette question un contretemps. En effet, certains négociateurs du Parlement européen, dont le Portugais Luis Capoulas Santos (S&D), ont demandé, malgré l’accord du 26 juin 2013 entre le Parlement européen, le Conseil et la Commission sur la politique agricole commune (PAC) pour les années 2014-2020 de négocier de nouveau en septembre sur les sujets agricoles liés au cadre financier pluriannuel de l'UE (CFP) pour 2014-2020, à savoir le plafonnement et la dégressivité des aides directes, les transferts de fonds entre les deux piliers de la PAC et le cofinancement des mesures de développement rural. Ce qui était surtout mis en cause était la dégressivité des aides de 5 % à partir de 150 000 euros ou 5 % de 'paiements redistributifs' (primes aux premiers hectares).
Les ministres ont refusé de rouvrir l'accord du 26 juin sur la réforme de la politique agricole commune (PAC) et la priorité doit aller à l'adoption formelle des textes et à la mise en œuvre des nouvelles mesures. Dans certains pays, comme en Allemagne, l’on a déjà commencé à mettre en œuvre les premiers éléments de l’accord au niveau national. La France a, elle aussi, insisté sur une conclusion rapide des négociations et invité la Présidence lituanienne à s'en tenir fidèlement au mandat qui reflète un équilibre qui fut difficile à atteindre.
S’y ajoute que l’accord sur le cadre financier pluriannuel 2014-2020 a été conclu le 27 juin, juste avant le Conseil européen, et que cet accord a été approuvé le 3 juillet par la plénière du PE, même si ce vote n’est pas encore le vote formel sur les textes législatifs qui doit intervenir en automne. Les ministres n’ont donc pas voulu accepter une mise en cause du cadre stable qui est en train de se mettre en place.
"Nous avons réussi à conclure un accord, le dossier est fermé ", a ainsi déclaré le ministre luxembourgeois de l’Agriculture, Romain Schneider, cité par le Tageblatt.
"J'ai reçu un mandat clair de la part du Conseil, avec des limites tout à fait balisées, et je vais défendre ce mandat. Nous ne pouvons pas remettre en cause l'accord déjà atteint », a conclu de son côté le ministre lituanien. Il a néanmoins évoqué « certaines questions ouvertes qui vont au-delà de cet accord et sur lesquelles nous allons devoir travailler rapidement".
Pour Dacian Ciolos, le commissaire européen à l'Agriculture, "ces discussions techniques devront avoir lieu avec le PE sur l'adoption des textes législatifs. Dans ce cadre, nous pouvons résoudre les points qui restent à clarifier."
Le Lëtzeburger Bauer, l’organe de la Centrale paysanne, a publié le 22 juillet 2013 un commentaire peu amène sur la démarche des parlementaires européens. «On a une fois de plus l’impression que certains députés européens sont plus préoccupés par leurs compétences dans le cadre de la codécision que par le dossier lui-même."
Les règles transitoires pour 2014 pour les paiements directs et le développement rural doivent être adoptées avant la fin de l’année 2013. La présidence a prévu, pour fin septembre et mi-octobre, des trilogues avec le Parlement européen et la Commission concernant les propositions y relatives afin de parvenir à un accord dans les meilleurs délais. Au Luxembourg, "rien ne changera en 2014", selon les déclarations de Romain Schneider au Tageblatt. La loi agraire sera prolongée de six mois, du 1er janvier au 30 juin 2014, et le plan pour le développement rural du Luxembourg est en train d’être préparé.
Dans les domaines de la santé animale et des plantes, la présidence a exprimé son intention de faire avancer les travaux concernant le paquet de propositions que la Commission a présenté au mois de mai.
Particulièrement à la demande des délégations française, hongroise et italienne, les ministres ont discuté, sous le point « divers » de l’ordre du jour, la problématique des pertes et du gaspillage des denrées alimentaires sous ses différentes formes. Dans ce contexte, la Commission a mentionné un rapport élaboré par le Parlement européen sur ce sujet et a annoncé, pour la fin de l’année, la présentation d’une communication sur l’alimentation durable qui va également traiter de ces sujets.
À la demande de Chypre, les ministres et les représentants de la Commission ont fait le point sur les conséquences notamment économiques, de l’apparition de la maladie de Newcastle sur le secteur de la volaille à Chypre.
Les Pays-Bas ont évoqué la question de l’abattage sans étourdissement des animaux et ont demandé un rapport ainsi que des propositions de la Commission afin de garantir un étiquetage approprié des viandes d’animaux abattus sans étourdissement. Pour l'instant, la dérogation dans l'UE concernant l'absence d'étourdissement des animaux ne concerne que le bétail abattu sans étourdissement pour des raisons religieuses. Or, des soupçons existent au sein de l'UE sur des animaux abattus sans étourdissement qui se retrouvent dans la chaîne alimentaire.
Le commissaire européen en charge de la santé, Tonio Borg, a informé les ministres sur les derniers éléments liés au scandale de la viande chevaline. En ce qui concerne les erreurs dans l’étiquetage de produits d’origine bovine, la Commission a annoncé qu’elle allait présenter au mois de septembre un rapport au Conseil sur l’opportunité et la faisabilité d’un étiquetage obligatoire des viandes dans les plats préparés. Dans ce contexte, certains Etats membres ont cependant considéré que l’étiquetage obligatoire n’empêcherait pas la fraude et ils ont fait part de leurs réserves à ce stade.
Dans le domaine de la pêche, le Conseil s’est mis d’accord sur les modalités de répartition de l’enveloppe de 6,4 milliards d’euros du Fonds européen pour les Affaires Maritimes et la Pêche (FEAMP). L’accord doit maintenant être négocié avec le Parlement européen en vue d’un accord d’ici la fin de l’année. Ce qui devrait changer est que le gros des fonds n’ira plus nécessairement aux régions plus faibles et à basse productivité, mais vers les entreprises qui pratiquent une pêche durable. Les aquacultures d’eau douce devraient également recevoir des aides spéciales. Pour assurer la durabilité de la pêche, des quotas seront fixés, afin que les stocks de poissons qui sont en danger puissent se régénérer.
Dans ce cadre, l’UE a menacé de sanctions l’Islande et les îles Féroé, dont les quotas de pêche du hareng et du maquereau sont jugés trop élevés et menacent les stocks européens. La Commission envisage des sanctions, comme des limites d’importation dans l’UE ou bien le refus d’entrée dans les ports de l’UE de bateaux battant pavillon de ces pays. Le gouvernement de l’Islande, membre de l’Espace économique européen et pays qui a gelé sa candidature d’adhésion à l’UE, a réagi en mettant en doute la volonté de l’UE de vouloir prendre des mesures contraires aux règles de l’OMC comme de l’Espace économique européen (EEE).