Le Parlement européen et le Conseil sont parvenus le 30 juin 2016 à un accord en trilogue sur la directive concernant la réduction des émissions nationales de certains polluants atmosphériques, une proposition mise sur la table par la Commission européenne en décembre 2013 dans le cadre de son paquet Qualité de l’Air, et qui doit remplacer la directive NEC.

Ce projet de nouvelle directive NEC  prévoyait et actualisait les plafonds d'émission annuels de certains polluants atmosphériques qui sont actuellement en vigueur au niveau national. Actuellement, les limites valent pour les quatre polluants visés par la précédente directive: le dioxyde de soufre, les oxydes d'azote, les composés organiques volatils non méthaniques et l'ammoniac. La Commission proposait aussi que des plafonds soient fixés pour deux autres polluants : les particules fines et le méthane. En outre, elle proposait des niveaux d'émission intermédiaires pour l'année 2025.

L'objectif principal de ce projet législatif est de répondre aux risques sanitaires et aux effets sur l'environnement qui subsistent du fait de la pollution atmosphérique. La directive doit également aligner la législation de l'UE sur les engagements pris au niveau international à la suite de la révision du protocole de Göteborg en 2012.

Le Parlement européen avait adopté sa position en octobre 2015, tandis que le Conseil était parvenu à définir une orientation générale sous présidence luxembourgeoise, en décembre 2015.

L’accord a été salué tant par la présidence néerlandaise, qui a réussi le tour de force de boucler ces négociations difficiles alors que la présidence slovaque prenait le relai dès le lendemain, que par la Commission. Sharon Dijksma, ministre de l’Environnement néerlandaise, a ainsi souligné les bénéfices substantiels que va apporter la réduction des émissions de ces polluants en termes de santé publique. Le commissaire en charge de la Santé, Karmenu Vella, qui a évoqué des négociations "difficiles et complexes", a lui aussi insisté sur le fait que cet accord allait réduire de moitié l’impact de la pollution de l’air sur les décès prématurés, évalués à 400 000 par an dans l’UE, dans les prochaines années. Du côté du Parlement européen, les réactions étaient très rares au lendemain de l’accord, à l’exception notable de celle de l’eurodéputé Bas Eickhout, rapporteur fictif pour le groupe des Verts, qui a dénoncé "un mauvais accord", notamment "pour tous ceux qui souffrent de problèmes de santé liés à la mauvaise qualité de l’air en Europe".

L’accord trouvé fixe des plafonds nationaux aux émissions de cinq polluants, à savoir le dioxyde de soufre, les oxydes d’azote, les composés organiques volatils non méthaniques, l'ammoniac et les particules fines. Dans son orientation générale, le Conseil avait opté pour ne pas fixer de plafonds aux émissions de méthane, contrairement à ce que proposait la Commission, avec le soutien du Parlement européen.  "Ce polluant a été laissé de côté en raison des préoccupations au sujet de chevauchements avec les futures mesures sur le climat et l'énergie liés aux émissions de gaz à effet de serre", était-il alors expliqué par le Conseil, qui semble avoir obtenu gain de cause alors que la question restait encore ouverte quelques jours auparavant d’après le rapport qui a été fait sur les négociations lors du Conseil Environnement du 20 juin dernier.

En ce qui concerne les plafonds nationaux établis pour la période allant de 2020 à 2029, ils restent identiques à ceux auxquels se sont engagés les Etats membres dans le cadre du protocole de Göteborg révisé. "Des réductions plus strictes ont en revanche été adoptées à partir de 2030", indique le communiqué de presse diffusé par les services du Conseil, sans donner toutefois plus de précisions alors que, selon le rapport fait au Conseil le 20 juin dernier, la question du niveau d’ambition concernant les engagements après 2030 restait en suspens,  "la Commission, soutenue par le PE, maintenant sa proposition, dont le niveau d'ambition est supérieur à celui de l'orientation générale du Conseil".

Sur ces deux points, l’eurodéputé Bas Eickhout (Verts européens), s’est montré toutefois critique, dénonçant l’action des lobbies de "la grande agriculture" qui ont réussi à "affaiblir les plafonds d’émission d’ammoniac" et à "exclure le méthane" du champ d’application de la directive.

"Des niveaux d’émission indicatifs pour 2025 vont être identifiés pour chaque Etat membre", indique le communiqué de presse du Conseil qui précise qu’ils vont être "déterminés sur la base d’une trajectoire linéaire jusqu’au plafond d’émission qui s’appliquera à compter de 2030". "Toutefois, les Etats membres auront la possibilité de suivre une trajectoire non-linéaire si cela se montre plus efficace", est-il encore indiqué. Le Parlement européen, qui privilégiait une trajectoire linéaire, souhaitait aussi des niveaux d’émission contraignants, et non indicatifs, deux points qui restaient encore en suspens à l’issue du précédent trilogue. L’accord prévoit que, si un Etat membre dévie de sa trajectoire prévue, il devra expliquer pourquoi et comment il entend agir pour revenir à la trajectoire.

L’accord prévoit aussi une certaine flexibilité, comme par exemple la possibilité pour un pays de faire la moyenne des émissions annuelles avec les émissions de l'année précédente et ceux de celle qui suit en cas d’hiver exceptionnellement froid ou d’été exceptionnellement sec. Il s’agissait d’une demande du Conseil formulée dans son orientation générale, et sur laquelle le Parlement européen n’avait pas encore tranché lors du précédent trilogue. De nouvelles flexibilités qui ne sont pas pour plaire à Bas Eickhout qui y voit autant de "failles qui vont permettre aux Etats membres de se dérober à leurs responsabilités" en ajustant leurs inventaires nationaux d’émissions s’ils sont plus mauvais qu’escomptés, comme dans le cadre des émissions du diesel.